固体发酵就是让微生物在不溶于水的颗粒状固体培养基上生长。通过微生物的代谢活动获得代谢产物或菌体。固体发酵分为两种类型:厌养型固体发酵，好氧型固体发酵。

厌氧型固体发酵一般用于发酵酒精等，就是生产传统白酒。也可用于饲料青贮等。就是将固体的有机物如稻草、甘蔗渣、高粱等放在一个大坑里，让其自然发酵，也可加入菌钟。

好氧型固体发酵，一般用于生产传统调味料如酱油等，就是将培养的有机物如煮熟的黄豆等摊在一个大盘子里，让其充分接触空气。工业上一般用机械强制通风。食用菌生产也是好氧型固体发酵的一种。